Факультет у його сучасному вигляді та складі, а саме Факультет транспорту, менеджменту і логістики, було створено згідно наказу ректора Національного авіаційного університету від 20.12.2018 року за № 625/од. Але це зовсім не початковий етап розвитку, а логічне продовження тривалої історії змін та перетворень, які відбувалися відповідно до зміни суспільного запиту на майбутніх фахівців.

   18 квітня 1971 року наказом Міністра цивільної авіації СРСР у Київському інституті інженерів цивільної авіації було відкрито інженерно-економічний факультет (ІЕФ). У 1987 році ІЕФ було перейменовано у факультет авіаційних робіт і перевезень (ФАРП), а в 1993 році – у факультет економіки та управління  (ФЕУ).

   В липні 2001 ФЕУ було поділено на факультет економіки та  факультет організації і управління (ФОУ). З травня 2002 року ФОУ отримав назву факультет менеджменту та логістики (ФМЛ). У подальшому факультет декілька разів реорганізовувався: з 2006 р. від нього відокремлено, а потім у 2006 р. до нього приєднано факультет авіаційних транспортних технологій (ФТТ).

   Факультет менеджменту та логістики мав у своєму складі шість кафедр: менеджменту зовнішньоекономічної діяльності підприємств, логістики, економічної теорії, вищої математики, організації авіаційних перевезень, організації авіаційних робіт та послуг і здійснював підготовку фахівців різних освітньо-кваліфікаційних рівнів: бакалаврів, магістрів, спеціалістів у сфері управління та організації діяльності підприємств авіатранспортної та інших галузей економіки, а також управління фінансовими, транспортними та матеріально-технічними ресурсами за напрямами підготовки 6.030601 „Менеджмент” та 6.070101 „Транспортні технології (за видами транспорту)”.

   Наказом ректора від 7 лютого 2003 року за №17/од було створено Інститут економіки та менеджменту (ІЕМ) у складі факультету економіки і підприємництва (ФЕП) і факультету менеджменту та логістики (ФМЛ). Очолював інститут д.е.н., професор В.Щелкунов., з 29.05.2009р. по 2016 р. – к.е.н., професор В. Матвєєв., а потім до 10.2017р. – к.е.н., професор Петровська О.М.  

   Певний час кафедри  усі кафедри економіко-управлінського спрямування були підпорядковані адміністрації ІЕМ та у жовтні 2017р., в результаті реорганізації Інституту економіки та менеджменту, знову створені факультети, в тому числі і Факультет  менеджменту та логістики.

Сучасна історія Факультету транспорту, менеджменту і логістики Національного авіаційного університету почала відлік з  20.12.2018 року.  До листопаду 2020 р. його очолювала д.е.н., професор Ільєнко О.В., а з  листопада факультет очолює д.е.н., професор Мостенська Т.Л.